Die Cantorei der Reformationskirche wurde 1985 als Gemeindechor von Andreas Sieling gegründet. Nach Auftritten im Gottesdienst folgten von 1993 an eigene Konzerte. Dr. Andreas Sieling ist heute Berliner Domorganist und Professor an der Universität der Künste.
Im Jahr 2000 war absehbar, dass die Reformationsgemeinde mit der benachbarten Heilandsgemeinde fusionieren würde. Für die Cantorei bedeutete dies eine tiefgreifende Veränderung: Weil die Stelle des Kantors nicht neu besetzt wurde, machte der Chor sich unabhängig und finanziert sich seitdem über einen dafür gegründeten Förderverein seinen Chorleiter selbst. Anfang 2001 wurde der damals erst 25-jährige Volker Hedtfeld zum neuen Chorleiter gewählt. Er prägte für ein Jahrzehnt das Gesicht der Cantorei. Unter seiner Leitung entwickelte sich die Cantorei zu einem erfolgreichen Laien-Konzertchor, der große Oratorien zur Aufführung brachte. Mit der „Langen Nacht der Chöre“, die die Cantorei seit 2005 ausrichtet, wurde das Profil der Reformationskirche als Konzertkirche gestärkt.
Nach wenigen Jahren unter der Leitung von Nataliya Chaplygina und noch einmal Volker Hedtfeld wurde Johannes Stolte Mitte April 2014 neuer Chorleiter. Mit ihm führte die Cantorei unter anderem Bachs „Weihnachtsoratorium “, Brahms‘ „Deutsches Requiem“ (zusammen mit dem polnischen Kammerchor „Adoramus“ und dem Berlin-Brandenburgischen Sinfonie-Orchester) und das Programm „Klänge des Nordens“, auf. Zum Reformationsjubiläum, Sommer 2017, arbeitete der Chor mit der Choreographin Be van Vark zusammen und lud zu einem Konzert mit performativen Elementen unter dem Titel „Von der Freiheit eines Christenmenschen“ ein.
Im Januar 2020 übernahm Caspar Wein die Leitung. Während der strengen Vorsichtsmaßnahmen in der folgenden Corona-Pandemie probte der Chor mit Hilfe virtueller Formate unermüdlich weiter. So konnten im Jahr 2021 ein Sommer- und ein Weihnachtskonzert gegeben werden. 2022 schließlich wurden die wegen der Pandemie verschobenen Konzerte „Messa di Gloria“ von Puccini (zusammen mit dem Äskulap-Orchester) und Mendelssohns Oratorium „Elias“ (gemeinsam mit dem Berlin-Brandenburgischen Sinfonie-Orchester) aufgeführt.
Das letzte Konzert mit Chorleiter Caspar Wein, der 2023 als Kantor an die Friedenskirche in Potsdam berufen wurde, fand im Sommer 2023 statt. Seine Nachfolge trat im gleichen Jahr Maximilian Kleinert an. Im Jahr 2023 konnte nach zwei Jahren Pause endlich wieder die beliebte „Lange Nacht der Chöre“ organisiert werden. Mit Maximilian Kleinert studierte die Cantorei unter anderem die „Carmina Burana“ von Carl Orff ein, die im Juni 2024 gesungen und gespielt wurden. Im Juni/Juli 2025 ging der Chor mit dem Programm „Was ist ein Mensch“ mit der D-Dur-Messe von Dvorak und Fanny Hensels Kantate „Hiob“ auf Ostseetournee.